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基础医学系

蓝勋

履历

    2017年9月至今    助理教授,研究员,博士生导师,清华大学医学院

    2015年至2017年  研究助理,霍华德修斯医学研究所

    2013年至2017年  博士后,斯坦福大学遗传系

    2012年至2013年  博士后,芝加哥大学人类遗传系

    2009年至2012年  博士,俄亥俄州立大学,生物医学专业

    2001年至2005年  学士,中国海洋大学,生物技术专业

研究领域与方向

据统计,全世界每年癌症死亡病例约880万,其中27%发生在中国。导致癌症死亡率一直居高不下的一个重要原因是癌症发病机制复杂,异质性极高。人体自身免疫系统正常情况下可以监视并防止正常干细胞异化为无序增殖的癌细胞,但是癌细胞可以通过多种途径提高其对宿主免疫系统的适用性。人体的免疫相关基因是目前所知人群中多态性最强的一群基因,因此依据患者遗传背景对癌症病例进行个体化分析研究对掌握癌细胞免疫逃避机制和了解癌症发生过程至关重要。

我们一方面运用种群遗传学和生物信息学方法研究癌症基因组的演化,尤其是癌细胞免疫逃避的机制,并利用机器学习、深度学习等模式识别算法开发以患者遗传背景为依据的个体化肿瘤诊断和预后系统;另一方面利用酵母中定向进化改造免疫细胞,增进其对癌细胞的敏感性和特异性,从而提高免疫疗法的疗效。


学术荣誉与奖励

关键词

基因组演化,肿瘤免疫逃避,免疫治疗,深度学习,个体化医疗

代表性论文

代表性论文

(*通讯作者,#共同第一作者):

1.X. Lan* and J. K. Pritchard*, “Coregulation of tandem duplicate genes slows evolution of   subfunctionalization in mammals.,” Science, vol. 352, no. 6288, pp. 1009–1013, 2016.

2.B. Liu*, L. Fang, R.   Long, X. Lan*, and   K.-C. Chou*, “iEnhancer-2L: a   two-layer predictor for identifying enhancers and their strength by pseudo   k-tuple nucleotide composition,” Bioinformatics,2016.

3.Z. Chen#, X. Lan#, J. M. Thomas-Ahner, D. Wu, X. Liu, Z. Ye, L.   Wang, B. Sunkel, C. Grenade, J.Chen, et al., “Agonist and antagonist switch DNA motifs   recognized by human androgen receptor in prostate cancer,” The EMBO Journal, 2015.

4.Z. Chen, X. Lan, D. Wu, B. Sunkel, Z.   Ye, J. Huang, Z. Liu, S. K. Clinton, V. X. Jin, and Q. Wang,“Ligand-dependent   genomic function of glucocorticoid receptor in triple-negative breast   cancer,”

Nature   Communications, vol. 6, 2015.

5.N. E. Banovich#, X. Lan#, G. McVicker, B. Van de Geijn, J. F.   Degner, J. D. Blischak, J. Roux, J. K. Pritchard, and Y. Gilad, “Methylation QTLs are associated with coordinated changes in transcription factor binding,   histone modifications, and gene expression levels,” PLoS Genetics, vol. 10, no. 9, e1004663, 2014.

6.P.-Y. Hsu, H.-K. Hsu, X. Lan, L. Juan,   P. S. Yan, J. Labanowska, N. Heerema, T.-H. Hsiao, Y.-C. Chiu, Y. Chen, et   al., “Amplification of distant estrogen response elements deregulates target   genes associated with tamoxifen resistance in breast cancer,” Cancer Cell,   vol. 24, no. 2, pp. 197–212, 2013

7.X. Lan, H.   Witt, K. Katsumura, Z. Ye, Q. Wang, E. H. Bresnick, P. J. Farnham, and V. X.   Jin,“Integration of Hi-C and ChIP-seq data reveals distinct types of   chromatin linkages,” Nucleic   Acids Research,   vol. 40, no. 16, pp. 7690–7704, 2012.

8.X. Lan, P. J. Farnham, and   V. X. Jin, “Uncovering transcription factor modules using one-and   three-dimensional analyses,” Journal of Biological Chemistry, vol. 287, no.   37, pp. 30 914–30 921, 2012

9.X. Lan, R. Bonneville, J.   Apostolos, W. Wu, and V. X. Jin, “W-ChIPeaks: a comprehensive web application   tool for processing ChIP-chip and ChIP-seq data,” Bioinformatics, vol. 27,   no. 3, pp. 428–430, 2011.

10.X. Lan, C. Adams, M.   Landers, M. Dudas, D. Krissinger, G. Marnellos, R. Bonneville, M. Xu, J.Wang,   T. H.-M. Huang, et al., “High resolution detection and analysis of CpG   dinucleotides methylation using MBD-Seq technology,” PLoS ONE, vol. 6, no. 7,   e22226, 2011.

   



联系方式

Email: lan-lab at biomed.tsinghua.edu.cn

Phone: +86-10-62770517

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